home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Mac Magazin/MacEasy 19 / Mac Magazin and MacEasy Magazine CD - Issue 19.iso / Wissenschaft & Technik / TopPredII folder / TopPredII 1.3 FPU / TopPredII 1.3 FPU.rsrc / TEXT_130_Parameters Hlp.txt < prev    next >
Text File  |  1996-02-11  |  926b  |  11 lines
  1. ‚Ä¢ Full and Core Window, Add to ends: These are used to calculate the putative and certain transmembrane segments. If a short window is used, one should add some extra residues to ensure that the program sets aside enough residues to span the membrane. A transmembrane segment seems likely to have 21 amino acids in length
  2.  
  3. ‚Ä¢ Upper cutoff: The cutoff for predicting certain transmembrane segments.
  4.  
  5. ‚Ä¢ Lower cutoff: The cutoff for predicting putative transmembrane segments.
  6.  
  7. ‚Ä¢ Charge-pair energy: The weight of a charge-pair. Reasonable values would be 0.0 (maximal weight) to 5.0 (minimal weight) when using GES scale. Only accessible when calculating for eukaryotic proteins
  8.  
  9. ‚Ä¢ Critical length: It defines the cutoff to apply or not the Positive-Inside rule. In the case of eukaryotic proteins, if this rule is not applied, the Compositional Distance method is used.
  10.  
  11. Default values are provided for all parameters.